Здравствуйте.
Организация, не относящаяся к бюджетной сфере, размер надбавки и порядок расчета за вахтовый метод работы устанавливает сама и определяет их в трудовом договоре с сотрудником(локальном нормативном акте).Надбавки за вахтовый метод работы, в установленных организацией размерах, не облагаются страховыми взносами и НДФЛ.
Цитата:Работникам, выполняющим работы вахтовым методом, за каждый календарный день пребывания в местах производства работ в период вахты, а также за фактические дни нахождения в пути от места нахождения работодателя (пункта сбора) до места выполнения работы и обратновыплачивается взамен суточных надбавка за вахтовый метод работы.Работникам организаций, финансируемых из федерального бюджета, надбавка за вахтовый метод работы выплачивается в размере и порядке, устанавливаемых Правительством Российской Федерации. Работникам организаций, финансируемых из бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов, надбавка за вахтовый метод работы выплачивается в размере и порядке, устанавливаемых соответственно органами государственной власти субъектов Российской Федерации и органами местного самоуправления.Работникам работодателей, не относящихся к бюджетной сфере, надбавка за вахтовый метод работы выплачивается в размере и порядке, устанавливаемых коллективным договором, локальным нормативным актом, принимаемым с учетом мнения выборного органа первичной профсоюзной организации, трудовым договором.
(ст. 302 ТК РФ)
Т.к. надбавка заменяет суточные, поэтому размер такой надбавки, обычно, не превышает норму суточных.
Если надбавка предусмотрена коллективным(трудовым) договором, то затраты на нее могут включаться в расходы на оплату труда, уменьшающие налогооблагаемую прибыль.
Цитата:...В соответствии с пунктом 3 статьи 217 Кодекса не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц все виды установленных законодательством Российской Федерации, законодательными актами субъектов Российской Федерации, решениями представительных органов местного самоуправления компенсационных выплат (в пределах норм, установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации), в частности, связанных с выполнением физическим лицом трудовых обязанностей.Учитывая изложенное,компенсационные выплаты, предусмотренные статьей 302 Трудового кодекса, произведенные лицам, выполняющим работы вахтовым методом,в размере, установленном локальным нормативным актом организации,не подлежат обложению налогом на доходы физических лицна основании пункта 3 статьи 217 Кодекса....3. В соответствии со статьей 255 Кодекса в расходы налогоплательщика на оплату труда для целей налогообложения прибыли включаются любые начисления работникам в денежной и (или) натуральной форме, стимулирующие начисления и надбавки, компенсационные начисления, связанные с режимом работы или условиями труда, премии и единовременные поощрительные начисления, расходы, связанные с содержанием этих работников, предусмотренные нормами законодательства Российской Федерации, трудовыми договорами (контрактами) и (или) коллективными договорами. Следовательно,если коллективным договором, локальным нормативным актом, принятым с учетом мнения выборного органа первичной профсоюзной организации, трудовым договором предусмотрена выплата надбавки за вахтовый метод работыза каждый день пребывания в местах производства работ в период вахты, то в соответствии с пунктом 3 статьи 255 Кодексатакие затраты могут относиться к расходам на оплату труда и уменьшать налоговую базу по налогу на прибыль.
( из письма Минфина от 2 сентября 2011 г. N 03-04-06/0-197)